JC-1 (CBIC2) 是一种广泛用于检测线粒体膜电位的理想荧光探针。JC-1 染料以电势依赖性的方式积聚在线粒体内，可以用来检测细胞、组织或纯化的线粒体膜电位。正常线粒体内，JC-1 聚集在线粒体基质中形成聚合物，聚合物发出强烈的红色荧光 (Ex=585 nm, Em=590 nm) ；在线粒体膜电位较低时，JC-1不能聚集在线粒体的基质中，产生绿色荧光 (Ex=510 nm, Em=527 nm) 。

Hoechst 33342 是 Hoechst 系列的标记染料。Hoechst 系列是活细胞核标记染料。Hoechst 通过结合 DNA 双链中的小沟而结合核酸。Hoechst 倾向于结合富含 A/T 的 DNA 链。同时，富含 A/T 的双链 DNA 使荧光强度显著增强。Hoechst 可穿过细胞膜，结合活细胞或固定细胞。Hoechst 染料的荧光强度随着溶液 pH 升高而增强。

D-Luciferin potassium 是荧光素酶 (Luc) 的天然底物，对萤火虫产生典型的黄绿光进行催化。该反应产生的 560 nm 化学发光在几秒钟内达到峰值，当底物荧光素过量时，光输出与荧光素酶浓度成正比。荧光素酶 (luc) 基因是研究和活性分子筛选的常用报告基因。化学发光技术实际上是无背景的，使得 luc 报告基因成为检测低水平基因表达的理想选择。在标准荧光计数仪中可以可靠地测量到 0.02 pg 的荧光素酶。除了用于基因表达的外，荧光素酶还用于 ATP 的检测。MCE提供萤火虫荧光素酶 (HY-P1004A) 、荧光素游离酸 (HY-12591A) 及其水溶性钠盐 (HY-12591) 和钾盐 (HY-12591B) 。

Cyanine5 DBCO (DBCO-Cy5) hexafluorophosphate 是一种低毒的叠氮化物反应探针 (近红外荧光染料)，可通过无铜“点击反应”对叠氮化物标记的生物分子进行成像 (Ex=635 nm, Em=650-700 nm)。Cyanine5 DBCO hexafluorophosphate 无明显的细胞和动物毒性，并且不影响靶细胞 (叠氮化标记细胞) 以外的其他细胞的生理功能。Cyanine5 DBCO hexafluorophosphate 可用于体内外细胞的标记和追踪。

C-phycocyanin (C-PC) 是一种蛋白质色素，也广泛用作人类的优良营养补充剂。

Janelia Fluor 646, SE (JF646, SE) 是一种红色荧光染料可用于细胞成像实验中。Janelia Fluor 产品根据美国专利获得许可，来自 Howard Hughes Medical Institute 的 No.9,933,417，10,018,624，10,161,932 和其他专利。

Fluorescein-5-maleimide 是一种荧光染料。Fluorescein-5-maleimide 可以检测真核细胞中的硫醇氧化还原状态。Fluorescein-5-maleimide 可以标记肽并用于检测带负电荷的纳米颗粒。Fluorescein-5-maleimide 可以标记肌动蛋白来探究其与心肌肌球蛋白结合蛋白C (cMyBP-C) 的相互作用，从而帮助开发小分子调节剂用于心力衰竭。Fluorescein-5-maleimide 可以筛选含有半胱氨酸残基的突变蛋白。Fluorescein-5-maleimide 的激发波长为 494 nm，发射波长为 519 nm。

C12FDG (5-Dodecanoylaminofluorescein di-β-D-Galactopyranoside) 是用于 β-半乳糖苷酶检测的亲脂性绿色荧光底物。C12-FDG 比 Fluorescein di(β-D-galactopyranoside) (HY-101895) 对动物细胞 β-半乳糖苷酶的活性测定更敏感 (Ex/Em = 488/523 nm)。

Nitro blue tetrazolium chloride (NBT) 是脱氢酶底物，与碱性磷酸酶底物 BCIP 一起用于 western blotting和免疫组化染色。