Z-Gly-Gly-Arg-AMC 是凝血素特异性的荧光底物，可用于检测 PRP 和缺乏血小板血浆中凝血酶的生成 (Ex/Em = 390/480 nm)。

Ac-WLA-AMC 是一种特异性的 20S 蛋白酶体 β5 亚基荧光底物。

Luciferase, firefly 是一种发光酶，负责萤火虫和磕头虫的生物发光。Luciferase, firefly 的催化底物是D-Luciferin (HY-12591B)。

X-Neu5Ac是细菌表达系统中测定神经氨酸酶活性的显色底物，对神经氨酸酶的Km值为0.89 mM。

Mca-(ala7,lys(dnp)9)-bradykinin 是一种敏感的 ECE-1 (内皮素转化酶-1) 荧光底物。(7-甲氧基香豆素-4-基)乙酰基 (Mca) 荧光基团和 2,4-二硝基苯 (Dnp) 猝灭基团的加入导致底物裂解时荧光大幅增加。

C6 NBD Glucosylceramide 是葡萄糖基神经酰胺 (glucosylceramide) 的荧光衍生物 (Ex=466 nm, Em=535 nm)。C6 NBD Glucosylceramide 可用于研究葡萄糖基神经酰胺的代谢和内化，也可用于葡糖基神经酰胺合酶活性的测定。

β-Ala-Lys(AMCA) 是一种寡肽转运蛋白的荧光标记底物。β-Ala-Lys(AMCA) 可作为多种细菌质子偶联寡肽转运蛋白的底物，用于标记寡肽转运蛋白的活性。激发波长/发射波长：340 nM/460 nM。

6-Chloro-3-indoxyl-α-D-mannopyranoside 是 α-甘露糖苷酶的显色底物，在切割时会产生赭色沉淀。

Nicotinamide 1,N6-ethenoadenine dinucleotide (ε-NAD) 是 NAD 的一种荧光类似物。Nicotinamide 1,N6-ethenoadenine dinucleotide 可被 phosphodiesterase I (来自 C. adamanteus 毒液) 裂解，与牛肝 glutamate dehydrogenase 结合。Nicotinamide 1,N6-ethenoadenine dinucleotide 能够作为细菌毒素催化信号转导 G 蛋白的 G-ADP 核糖基化的底物。Nicotinamide 1,N6-ethenoadenine dinucleotide 可作为荧光底物用于 ADP 核糖基化反应的研究。