Mca-P-Cha-G-Nva-HA-Dap(DNP)-NH2 是基质金属蛋白酶-1 (MMP-1)、MMP-3 和 MMP-26 的荧光底物。Mca-P-Cha-G-Nva-HA-Dap(DNP)-NH2 可用于测定 MMP-1、MMP-3 和 MMP-26 的活性。

pyCTZ (Pyridyl CTZ)，一种腔肠素 (CTZ) 类似物，是 ATP 非依赖性的 LumiLuc 荧光素酶的吡啶基底物。pyCTZ 在荧光素酶的存在下会产生强烈的蓝色生物发光。pyCTZ 可用于基于水母发光蛋白的钙感测。

6-Chloro-3-indoxyl-α-D-mannopyranoside 是 α-甘露糖苷酶的显色底物，在切割时会产生赭色沉淀。

Nicotinamide 1,N6-ethenoadenine dinucleotide (ε-NAD) 是 NAD 的一种荧光类似物。Nicotinamide 1,N6-ethenoadenine dinucleotide 可被 phosphodiesterase I (来自 C. adamanteus 毒液) 裂解，与牛肝 glutamate dehydrogenase 结合。Nicotinamide 1,N6-ethenoadenine dinucleotide 能够作为细菌毒素催化信号转导 G 蛋白的 G-ADP 核糖基化的底物。Nicotinamide 1,N6-ethenoadenine dinucleotide 可作为荧光底物用于 ADP 核糖基化反应的研究。

Ac-WLA-AMC 是 caspase-3 的荧光底物。Ac-WLA-AMC裂解后释放荧光部分7-氨基-4-甲基香豆素(AMC)，可用于量化β5c亚基活性。

Ac-VEID-AMC 是一种荧光底物，可用于测定 caspase-6 和相关半胱氨酸蛋白酶的活性测定 (Ex=340-360 nm, Em=440-460 nm)。