Fluorescein-5-maleimide 是一种荧光染料。Fluorescein-5-maleimide 可以检测真核细胞中的硫醇氧化还原状态。Fluorescein-5-maleimide 可以标记肽并用于检测带负电荷的纳米颗粒。Fluorescein-5-maleimide 可以标记肌动蛋白来探究其与心肌肌球蛋白结合蛋白C (cMyBP-C) 的相互作用，从而帮助开发小分子调节剂用于心力衰竭。Fluorescein-5-maleimide 可以筛选含有半胱氨酸残基的突变蛋白。Fluorescein-5-maleimide 的激发波长为 494 nm，发射波长为 519 nm。

C12FDG (5-Dodecanoylaminofluorescein di-β-D-Galactopyranoside) 是用于 β-半乳糖苷酶检测的亲脂性绿色荧光底物。C12-FDG 比 Fluorescein di(β-D-galactopyranoside) (HY-101895) 对动物细胞 β-半乳糖苷酶的活性测定更敏感 (Ex/Em = 488/523 nm)。

Nitro blue tetrazolium chloride (NBT) 是脱氢酶底物，与碱性磷酸酶底物 BCIP 一起用于 western blotting和免疫组化染色。

罗丹明类染料是一种膜渗透性的阳离子荧光探针，可对线粒体膜电位进行特异性识别，从而附着在线粒体中，并产生明亮荧光，在一定浓度下，罗丹明类染料对细胞具有低毒性，因此普遍用于检测动物细胞、植物细胞以及微生物中的线粒体。

EthD bromide 常用作分子生物实验学中的荧光标记(核酸染色)，如琼脂糖凝胶电泳。

DAPI (4',6-Diamidino-2-phenylindole) dihydrochloride 是一种 DAPI 染料。DAPI 是一种能够与 DNA 强力结合的荧光染料。DAPI 结合双链 DNA 小沟的 A/T 碱基对 (1 个 DAPI 分子可以占据 3 个碱基对的位置)，而显使荧光强度放大约 20 倍。通过观测荧光强度，可以对 DNA 定量。DAPI 还可以透过完整的细胞膜，常被用于活细胞和固定细胞的染色。DAPI (Compound 3) 是一种酸敏感离子通道 3 (ASIC3) 抑制剂。DAPI 是通过与 ASIC3 结合，阻断通道功能。DAPI 可用于慢性疼痛治疗的研究 (Ex/Em = 356/451 nm)。