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基因探秘 | GWAS改写视网膜病图谱,万人筛查约每50对发现生育风险

来源:生物探索 发表时间:2026-08-04 阅读:0

01|遗传性视网膜病 · 新基因发现

创始人群GWAS锁定XXYLT1,视网膜营养不良获得跨队列与RNA证据

《JAMA Ophthalmology》:XXYLT1 and Mendelian Retinal Dystrophy

罕见孟德尔病的新基因,不一定只能从家系测序中寻找:大规模人群GWAS也可能提供入口。

核心数据:研究先在FinnGen中比较540名遗传性视网膜病患者与473945名对照,检出13个达到全基因组显著性的隐性位点,其中XXYLT1、ANKRD10、DYM和CBLN4附近或内部的4个位点此前未与该病关联。

研究者随后在49名临床患者中以Sanger测序、全基因组测序及RNA方法验证,在4个家系发现5名XXYLT1 c.505-1G>C纯合个体;RNA测序及互补DNA扩增显示外显子2跳跃,支持功能缺失。英国独立队列另发现2名携带纯合c.766G>A、p.(Glu256Lys)变异的患者。

人群关联、临床表型、剪接功能证据和独立人群复现共同增强了XXYLT1与视网膜营养不良的关联,也为临床基因面板纳入该基因提供依据。

注: 主要关联信号来自芬兰创始人群,创始变异及效应大小未必适用于其他祖源;英国复现仅有2名患者,错义变异的功能证据也不同于剪接变异。

参考信息

Kraatari-Tiri M, Ishtiaq H, Tyrmi J, Lin S, Valkama A, Tiirikka T, Äikäs S, Lähteenoja L, Wright G, Schiff E, Jestin A, Webster AR, Mahroo OA, Michaelides M, Moilanen J, Pylkäs K, Kettunen J, Arno G, Falck A, Mantere T, Rahikkala E, FinnGen Project. XXYLT1 and Mendelian Retinal Dystrophy. 2026. PMID: 42530953. DOI: 10.1001/jamaophthalmol.2026.2795.
原文:https://doi.org/10.1001/jamaophthalmol.2026.2795
PubMed:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42530953/

02|育龄伴侣 · 携带者筛查

9107对伴侣接受泛人群筛查,约每50对发现此前未知的生育风险

《The Journal of Molecular Diagnostics》:Laboratory Considerations for Reproductive Genetic Carrier Screening: Experiences from Mackenzie's Mission

大规模携带者筛查的难点不仅是覆盖多少基因,还包括不同实验室、不同技术与变异解释规则能否协同。

核心数据:澳大利亚Mackenzie's Mission以伴侣为单位,为9107对育龄伴侣筛查超过1280个严重常染色体或X连锁隐性病相关基因,约每50对参与者中有1对被识别出此前未知的后代患筛查疾病风险增加。

样本为自采口腔拭子并邮寄至3家实验室,其中2家采用外显子组测序,1家采用靶向基因面板;FMR1和SMN1另行检测。两类主流程在识别小序列变异所致风险伴侣方面表现相当。每周召开的变异审查委员会用于统一报告,预先排除良性、可能良性及VUS可显著减少分析量;近亲伴侣收到的风险增加报告约多10倍

研究表明,泛祖源、跨实验室的伴侣携带者筛查具备实施可行性,但统一变异解释、复杂基因的独立检测和近亲伴侣分析策略是规模化落地的关键。

注: 这是一篇实验室流程与实施经验总结;摘要未提供不同技术的逐项敏感度、假阴性率或筛查后生殖结局,因此约150代表识别出的风险增加伴侣比例,不等同于临床获益。

参考信息

Cliffe CC, Allcock RJN, Laing NG, Zhang F, Lee C, Archibald AD, Chow MTM, Davis MR, Delatycki MB, Marum JE, Monaco A, Ong R, Righetti S, Rodrigues B, Roscioli T, Zhu Y, Mackenzie’s Mission Laboratory Team, Lunke S, Kirk EP. Laboratory Considerations for Reproductive Genetic Carrier Screening: Experiences from Mackenzie's Mission. 2026. PMID: 42532208. DOI: 10.1016/j.jmoldx.2026.06.009.
原文:https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2026.06.009
PubMed:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42532208/

03|早期肺癌 · ctDNA复发预测

42例IA期肺癌接受全基因组ctDNA监测,复发预警中位提前16.7个月

《The Journal of Molecular Diagnostics》:Predicting recurrence of Stage IA lung adenocarcinoma using ctDNA whole genome mutational signatures

最早期肺癌术后复发风险难以判断;这项研究尝试绕开患者专属探针,直接从全基因组突变模式追踪微小残留病。

核心数据:研究纳入42名IA期非小细胞肺癌患者,肿瘤组织以40×深度测序,胚系DNA和血浆ctDNA以20×深度测序;研究者从肿瘤—正常对照构建患者特异性突变特征,再以AI辅助模式识别算法分析各时间点血浆。

与临床复发比较时,该方法预测复发的敏感度为0.75、特异度为0.83,相比临床或影像学复发中位提前16.7个月;在部分组织学或临床判断困难的病例中,还可辅助区分第二原发癌与复发。

全基因组、肿瘤知情型ctDNA分析显示出早期预警潜力,但目前更适合视为风险分层与随访研究工具,尚不足以单独决定辅助治疗。

注: 样本仅42例,摘要未报告独立验证队列、复发事件数、阳性预测值及置信区间;同一队列内得到的敏感度和特异度可能高估外部应用表现。

参考信息

Snuderl M, Smadbeck J, Wilkins R, Tokoro K, Ptashkin R, Pizzillo I, Vargas A, Moreira A, Afterman D, Lauterman T, Kuzman M, Gonzalez S, Glavas D, Maloney D, Levatic J, Phillips S, Deochand S, Yahalom M, Tavassoly I, Donenhirsh Z, White E, Kandasamy R, Alon U, Polak P, Oklander B, Zviran A, Pass HI. Predicting recurrence of Stage IA lung adenocarcinoma using ctDNA whole genome mutational signatures. 2026. PMID: 42532206. DOI: 10.1016/j.jmoldx.2026.07.003.
原文:https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2026.07.003
PubMed:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42532206/

04|陈旧肿瘤标本 · 外显子组测序

保存最长55年的甲状腺FFPE仍可做外显子组,但BRAF支持读段仅见于82%

《Journal of Clinical Laboratory Analysis》:DNA Extracted From Aged Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Specimens of Patients With Papillary Thyroid Carcinomas Can Be Used for Whole Exome Sequencing

数十年前的石蜡标本并非必然失去基因组研究价值,但“能测序”与“能可靠检出变异”之间仍有距离。

核心数据:研究从广岛3家医院取得57例乳头状甲状腺癌的肿瘤及邻近正常FFPE组织,最长保存55年;其中24例肿瘤—正常配对样本进入全外显子组测序,并评估DNA质量与测序指标。

保存时间越长,DNA产量、DNA完整性数值、平均插入片段长度及标准化读深越低,但靶区覆盖均一性与保存时间没有显著相关。液滴数字PCR确认的22例BRAF V600E阳性病例中,18例在外显子组数据里至少有1条支持读段,占82%

陈旧FFPE可拓展历史肿瘤队列的基因组研究,但需要更高测序深度、正交验证和针对低等位基因比例的保守解释,不能因成功建库就默认变异检出完整。

注: 进入外显子组测序的配对病例仅24例;“至少1条支持读段”不是经过阈值验证的临床阳性判定,18/22也不能直接解释为该流程的临床敏感度。