D-Luciferin potassium 是荧光素酶 (Luc) 的天然底物，对萤火虫产生典型的黄绿光进行催化。该反应产生的 560 nm 化学发光在几秒钟内达到峰值，当底物荧光素过量时，光输出与荧光素酶浓度成正比。荧光素酶 (luc) 基因是研究和活性分子筛选的常用报告基因。化学发光技术实际上是无背景的，使得 luc 报告基因成为检测低水平基因表达的理想选择。在标准荧光计数仪中可以可靠地测量到 0.02 pg 的荧光素酶。除了用于基因表达的外，荧光素酶还用于 ATP 的检测。MCE提供萤火虫荧光素酶 (HY-P1004A) 、荧光素游离酸 (HY-12591A) 及其水溶性钠盐 (HY-12591) 和钾盐 (HY-12591B) 。

Hoechst 33342 是 Hoechst 系列的标记染料。Hoechst 系列是活细胞核标记染料。Hoechst 通过结合 DNA 双链中的小沟而结合核酸。Hoechst 倾向于结合富含 A/T 的 DNA 链。同时，富含 A/T 的双链 DNA 使荧光强度显著增强。Hoechst 可穿过细胞膜，结合活细胞或固定细胞。Hoechst 染料的荧光强度随着溶液 pH 升高而增强。

JC-1 (CBIC2) 是一种广泛用于检测线粒体膜电位的理想荧光探针。JC-1 染料以电势依赖性的方式积聚在线粒体内，可以用来检测细胞、组织或纯化的线粒体膜电位。正常线粒体内，JC-1 聚集在线粒体基质中形成聚合物，聚合物发出强烈的红色荧光 (Ex=585 nm, Em=590 nm) ；在线粒体膜电位较低时，JC-1不能聚集在线粒体的基质中，产生绿色荧光 (Ex=510 nm, Em=527 nm) 。

DiR 是一种长链碳菁染料。碳菁染料广泛用作亲脂性示踪剂，用于标记细胞、细胞器、脂质体、病毒和脂蛋白。

LysoTracker Red 为红色荧光标记的溶酶体探针，具有 577/590 nm 的最大激发/发射波长。结构上由一个荧光基团和相连的弱碱基构成，可自由穿过细胞膜，一般聚集在球形细胞器上，适用于观察溶酶体内部生物合成及相关发病机理。

BODIPY493/503 是一种 BODIPY 染料。BODIPY 染料是一种具有强紫外吸收能力的小分子染料，其荧光峰比较尖锐，量子产率高。其对环境的极性和 pH 值相对不敏感，因此，在不同生理条件下相对稳定。由于其结构的非对称性，BODIPY 具有多种衍生结构产物。BODIPY 脂滴类染料可以很好的穿过细胞膜进入细胞内部，通过在细胞内的中性脂类上定位以进行特异性染色，因此，该染料可用于标记活细胞和固定细胞。最大激发/发射波长：493/503 nm。

RhoNox-1 是一种特异性检测二价铁离子的荧光探针，当 RhoNox-1 与 Fe2+ (铁离子) 反应后，可以生成一种不可逆的橙色 (红色) 荧光产物 (Ex/Em：540/575 nm) 。FeRhoNox-1 可以很好的进入到细胞内部，适用于活细胞内 Fe2+ 的检测，倾向定位在高尔基体。

ER-Tracker 染料是与 Glibenclamide (HY-15206) 偶联的 BODIPY 列染料的衍生物，对内质网高选择性结合，在低浓度下对细胞无毒性，该类染料属于环境敏感型的探针，与甲醛处理后仍能保留部分荧光，具有荧光寿命高，消光系数好等特点。Glibenclamide 是一种 ATP 依赖性 K+ 通道阻滞剂 (Kir6, KATP) 和 CFTR Cl-通道阻滞剂，在内质网中发生结合。ER-Tracker 不适合对固定后细胞进行染色。

DCVJ (9-(2,2-Dicyanovinyl)julolidine) 是一种分子转子和独特的荧光染料，与微管蛋白和肌动蛋白结合，聚合后荧光强度显著增加。DCVJ 还与磷脂双层结合并增加其荧光强度。DCVJ 可以检测肥大细胞脱颗粒的动力学过程 (Absorption/emission=489/505 nm)。