EthD bromide 常用作分子生物实验学中的荧光标记(核酸染色)，如琼脂糖凝胶电泳。

DAPI (4',6-Diamidino-2-phenylindole) dihydrochloride 是一种 DAPI 染料。DAPI 是一种能够与 DNA 强力结合的荧光染料。DAPI 结合双链 DNA 小沟的 A/T 碱基对 (1 个 DAPI 分子可以占据 3 个碱基对的位置)，而显使荧光强度放大约 20 倍。通过观测荧光强度，可以对 DNA 定量。DAPI 还可以透过完整的细胞膜，常被用于活细胞和固定细胞的染色。DAPI (Compound 3) 是一种酸敏感离子通道 3 (ASIC3) 抑制剂。DAPI 是通过与 ASIC3 结合，阻断通道功能。DAPI 可用于慢性疼痛治疗的研究 (Ex/Em = 356/451 nm)。

Ruthenium red (Ammoniated ruthenium oxychloride) 是一种聚阳离子染料，广泛用于电子显微镜 (EM) 下细胞、组织和营养细菌的观察。Ruthenium red 能与磷脂和脂肪酸反应强烈，并与酸性粘多糖结合。Ruthenium red 还是一种 L 型钙电流 (ICa) 阻断剂。

BODIPY505/515 是一种 BODIPY 染料。BODIPY 染料是一种具有强紫外吸收能力的小分子染料，其荧光峰比较尖锐，量子产率高。其对环境的极性和 pH 值相对不敏感，因此，在不同生理条件下相对稳定。由于其结构的非对称性，BODIPY 具有多种衍生结构产物。BODIPY 脂滴类染料可以很好的穿过细胞膜进入细胞内部，通过在细胞内的中性脂类上定位以进行特异性染色，因此，该染料可用于标记活细胞和固定细胞。最大激发/发射波长：505/515 nm。

Thioflavin T 是一种阳离子 Benzothiazole 染料，在组织切片中与淀粉样蛋白结合后荧光强度增强。最大激发波长：~385 nm (游离)；~450 nm (结合)；最大发射波长：~445 nm (游离)；~485 nm (结合)。

N-Methylmesoporphyrin IX (NMM) 是一种广泛使用的 G-quadruplex DNA 特异性荧光结合剂，是监测 Aβ 纤颤的有效探针。N-Methylmesoporphyrin IX 是一种原位抑制剂，是体外和细胞内 Aβ 淀粉样蛋白生成的非原位监测器。N-Methylmesoporphyrin IX 对 G-四链体 DNA 敏感，但对双链体、三链体和单链形式的 DNA 没有反应。N-Methylmesoporphyrin IX 单独或在单体 Aβ 环境中不发出荧光，但通过与 Aβ 组装体堆叠发出强荧光。